La risonanza magnetica fetale è un esame non invasivo sfruttando i campi magnetici generati da un magnete molto potente. In passato l’applicazione della risonanza magnetica al feto non era possibile perchè è una metodica fortemente influenzata dai movimenti fetali. Gli apparecchi moderni, grazie ad una acquisizione ultra-veloce delle immagini, consentono di ottenere immagini con una buona risoluzione. Questo consente di eseguire la risonanza magnetica senza bisogno di sedare il feto.

La risonanza magnetica viene eseguita generalmente a partire dalla 20° settimana di gestazione.
La madre viene fatta spogliare di tutti gli oggetti metallici e viene fatta sdraiare sul lettino scorrevole, che è comandato a distanza. L'esame dura in genere intorno ai 20-30 minuti.

Le indicazioni fetali per la risonanza magnetica sono numerose e comprendono alcune patologie malformative che sono state identificate dall'ecografia, per una migliore definizione. In particolare la risonanza magnetica è utile qualora siano state accertate o sospettate patologie del sistema nervoso centrale, quali ventricolomegalie o difetti del verme cerebellare. La capacità della risonanza magnetica di ottenere scansioni nelle tre dimensioni viene sfruttata per confermare la diagnosi. Altre indicazioni comprendono per esempio masse o cisti addominali, per una migliore definizione dei rapporti tra la massa e gli organi vicini. Nello studio anatomico dei gemelli siamesi la risonanza magnetica fornisce informazioni preziose sull'anatomia per la programmazione della separazione chirurgica.
Nella maggior parte dei casi, comunque, l'ecografia eseguita da personale esperto e la risonanza magnetica danno risultati simili. Solo in pochi casi la risonanza magnetica cambia la diagnosi e/o la prognosi per il bambino che nascerà.

Non ci sono dati in letteratura relativi a eventuali danni da risonanza magnetica. Infatti, questo esame utilizza un campo magnetico, e non radiazioni come nel caso della TAC. Per precauzione si preferisce evitare la risonanza magnetica nel primo trimestre, periodo in cui comunque non sarebbe indicata, poiché i dati ottenuti dall'ecografia sono di qualità di gran lunga superiore.

Le controindicazioni alla risonanza magnetica fetale sono soprattutto materne, come ad esempio la presenza di clips metalliche da precedenti interventi chirurgici, protesi metalliche o pace-makers, peraltro assai rari in età fertile.